前往调查地落在太平洋的不明飞行物的海上自卫队二尉-有恸贯文，突然遭遇到青色光芒，而在这光芒影响下其细胞产生异变而变成凶恶怪兽THEONE，之后他在防卫厅的特殊机关BCST(对生物恐怖活动研究机关)的监视下脱逃而失去踪迹，另一方面，航空自卫队F15J驾驶员-真木舜一，为了很和鲜有时间相处患有先天性绝症...